日本医師会はTKC全国会からTKC医業経営指標の提供を受け、医業機関の経営分析を行った（分析結果の詳細は掲載資料参照）。
その結果、2020年度については、「一般病院では、医業利益率（除補助金）が前年度に比べて大幅に低下し、経常利益率（含補助金）も低下した」「診療所では、医業利益率（除補助金）及び経常利益率（含補助金）ともに大幅に低下し、無床診療所（法人）の小児科、耳鼻咽喉科は赤字になった」「役員報酬は病院、診療所ともに引き下げられた」「病院、診療所とも損益分岐点比率が95%を超える危険水域に達し、きわめて脆弱な経営体質である」―こと等が明らかになった。
この結果を受けて、日本医師会では「今後、コロナ関連の補助金が縮小された後、たちまち医療機関経営が綻びかねない状況にある。ましてや政府が収入の引き上げを決定された看護職員を除いては処遇改善の余裕はなく、安全・安心な医療提供体制を持続、向上させるためにも診療報酬財源による更なる下支えが必要である」と考えている。
